Ausgrabungen und insbesondere die Entdeckung einer paläolithischen Siedlung 3 Km nordöstlich von Gythion im August 1996 sowie die kürzliche Entdeckung obsidianischer Werkzeuge in Elea, zeigen eine relativ intensive und kontinuierliche Besiedlung um die lakonische Bucht seit dem mittleren paläolithischen Zeitalter.
Der Sage nach wurde Gythion von Herkules und Apoll erbaut. Während des Peloponnesischen Krieges war es Standort der spartanischen Kriegsflotte, wurde jedoch von den Athenern 455 v. Chr. zerstört. Später wurde es wiederaufgebaut und wurde sogar derart bedeutend, dass es in der Zeit um 195 v. Chr. die notwendige eigene Infrastruktur besaß, um als wichtiger Hafen für den Seehandel genutzt zu werden. 375 n. Chr. wurde Gythion erneut völlig zerstört und tauchte erst 1300 Jahre später, 1685, als kleiner Hafen in der Geschichtsschreibung wieder auf.
Die kleine Insel Kranae, auch als Marathonisi bekannt und dem Hafen vorgelagert, war 1770 eines der Hauptzentren der griechischen Revolution und eine der wichtigsten Städte der freien lakonischen Liga. Nach dem Ausbruch der Revolution 1821 hisste die Familie Gregorakis, Mitglieder der Filiki Etairia, am 23. März die Revolutionsfahne auf Marathonisi und machte die Insel damit zum Operationszentrum der griechischen Flotte. 1830 erhob sich Gythion gegen den ersten Gouverneur Griechenlands, Ioannis Kapodistrias. 1852 unterstützten die Einwohner Gythions die Bewegung des Mönchs Papoulakis, hauptsächlich, weil dieser gegen die Bewegung um König Otto opponierte. 1934 leistete Gythion Widerstand gegen die Bayern, als diese die traditionellen Wohntürme der Mani niederreißen wollten.
